W rozmowie z portalem HeyUGuys Lindelof nie tylko zdradził prawdopodobnych złoczyńców kolejnej części "Star Treka", ale odniósł się również do potencjalnego crossovera pomiędzy alternatywną rzeczywistością a podstawowym kanonem. - Nigdy nie macie dość Kligonów i wydaje mi się, że w "Into Darkness" daliśmy widzom mały przedsmak tego, co czeka nas w przyszłości. Wydaje się, że na horyzoncie rysuje się większy konflikt - powiedział Lindelof zdradzając, że "Star Trek 3" może skupiać się na wojnie pomiędzy Federacją a Kligońskim Imperium.
Lindelof powiedział również, by widzowie nie przekreślali postaci Khana, bo wcale nie jest powiedziane, że zginął w "Into Darkness". - Jeśli przeżył, byłoby niezwykle głupie z naszej strony, gdybyśmy z niego nie skorzystali.
Damon Lindelof wypowiedział się również na temat Borgów i Q - znanych złoczyńców z oryginalnego kanonu. - Kiedy rozmawiasz o Treku, nie da się nie wspominać zarówno o Borgach, jak i o Q. To wyjątkowi przeciwnicy z "The Next Generation" i często przechodzi mi przez myśl, by z nich skorzystać. Nie wiem jednak, czy uda nam się stworzyć crossover pomiędzy alternatywną rzeczywistością prezentowaną w nowych filmach a oryginalnym kanonem.