Przedstawiciele Ubisoftu nigdy nie mieli problemów z przyznawaniem się do błędów. Teraz wyraźnie podkreślają, że część misji pobocznych w Assassin's Creed III była zaprojektowana źle, a zadania nie pasowały do wydarzeń, które działy się w fabule. W "czwórce" ma się to zmienić. - Celujemy w nieco inne aktywności i zadania poboczne, choćby dlatego, że stworzyliśmy świat Karaibów. Lądu jest znacznie mniej, a mimo to udało nam się stworzyć mnóstwo misji, takich jak odkrywanie wraków statków, przeszukiwanie jaskiń, polowanie na zwierzęta, ataki na forty i tym podobne - wytłumaczył Jean Guesdon. Szczególną atrakcją ma być zwiedzanie ruin świątyń, które kryć będą wiele skarbów.
Niby nie jest to nic odkrywczego, ale jak dodaje Guesdon, każde z tych zadań nie będzie dodane na siłę, a wykonywanie go ma sprawić taką samą przyjemność, jak normalne misje z wątku głównego. - W "Black Flag" kluczowe jest zdobywanie doświadczenia zarówno jako Asasyn, ale również jako Pirat, dlatego wykonywanie pobocznych misji będzie równie istotne, co posuwanie fabuły do przodu.