Praktycznie z dnia na dzień dział komiksu runął. Mimo że trwała nagonka na komiksy i Stan nie miał już do dyspozycji zespołu freelancerów, nadal publikował od 60 do 70 tytułów miesięcznie. Pisał scenariusze lub szkice większości z nich, nadzorował również prace redakcyjne i pilnował rysunków. Tyle że Independent News jednym ruchem wykastrowało swojego konkurenta i uniemożliwiło kontynuowanie strategii obranej przez Goodmana, czyli zalewanie rynku podróbkami, gdy tylko pojawiła się nowa moda. Goodman i Lee zdecydowali się na wydawanie 16 dwumiesięcznych serii, stawiając na bestsellery z każdego gatunku, łącznie z żelaznymi pozycjami jak Millie the Model, Patsy Walker, Strange Tales, Wyatt Earp i Two-Gun Kid. Stworzone na potrzeby skasowanych tytułów gotowe scenariusze i rysunki przerobiono i wykorzystano w owych 16, co oznaczało, że freelancerzy, którzy zostali z Lee po czystce, nie mieli szans na zlecenia w najbliższej przyszłości.

Goodman – mimo swojej reputacji twardego gracza, który samym lodowatym spojrzeniem potrafił zwalić pracownika z nóg – wyjechał na wakacje na Florydę, zostawiając Lee z niewdzięcznym zadaniem zwolnienia zbędnego personelu. Naczelny musiał także nieco przetrzebić swój oddział wolnych strzelców. Znakomici rysownicy jak John Romita czy Joe Sinnott oddali ostatnie prace i nie otrzymali nowych zleceń. Lee wspomina, że zwalnianie przyjaciół i członków redakcji było „najtrudniejszą rzeczą, z jaką się zmagałem w całym życiu”. Niektórym nie zapłacono nawet za niedokończone, odwołane zlecenia. Spora część utalentowanych rysowników zupełnie porzuciła branżę komiksową i zatrudniła się w znacznie stabilniejszej reklamie albo korporacjach.

Lee zgarbił się za biurkiem i wziął się do roboty, lękając się, że może przyjść czas i na niego. Miał jednak po swojej stronie wiele argumentów świadczących na jego korzyść: pracował szybko, był dalekim, bo dalekim, ale jednak krewnym Goodmana, a poza tym wydawca nie chciał przegapić kolejnej mody na komiksy, nawet jeśli zyski miałyby być dramatycznie niższe. Potrzebował Lee, by zarobić na kolejnym trendzie, który czytelnicy pokochają, kiedy znowu zaczną kupować komiksy.

Lee, który zarazem chciał być dobrym kolegą i oddanym pracownikiem, nie zareagował dobrze na konieczność zwolnienia kolegów i współpracowników. Bał się stracić swoją posadę, ale coraz bardziej był z niej niezadowolony. „Nie potrafiłem otrząsnąć się z podgryzającej mnie depresji – tłumaczył. – Czułem się, jakbym ganiał własny ogon. Nie mogłem pozbyć się bliżej niesprecyzowanego niezadowolenia”. Nie wierzył jednak, że jego doświadczenie pomoże mu znaleźć pracę w jakimś magazynie albo zdobyć posadę scenarzysty telewizyjnego, dlatego trzymał się zasady Goodmana każącej czekać na kolejną sprzyjającą okazję, choć nie miał pojęcia, co to mogłoby być.

Przemysł komiksowy nie mógł nabrać rozpędu jeszcze przez lata po przesłuchaniach podkomisji, ale machina wydawnicza Goodmana nieprzerwanie się rozrastała. Magazyny zajęły się hollywoodzkimi plotkami i rozwijającym się rynkiem telewizyjnym z jego gwiazdami (jak Jackie Gleason), a obok czasopism o romansach publikowano lubieżne gazetki dla podnieconej młodzieży. Wysiłki te doprowadziły Goodmana do prób skopiowania „Esquire” i wydawał naśladowcze „Stag” i kilka innych periodyków dla mężczyzn, takich jak „For Men Only”, „Man’s World” czy „Male”. „Stag” i pozostałe tytuły kładły co prawda nacisk na niecenzuralne treści oraz sensacyjne zdjęcia i materiały graniczące z pornograficznymi, lecz publikowano tam teksty pierwszoligowych pisarzy, takich jak Ogden Nash, Graham Greene i William Saroyan (kolega Lee z armii).

Lee balansował pomiędzy różnymi działami, próbując nie tylko umocnić swoją pozycję, ale i zaskarbić sobie szacunek. O ironio, wtedy zdawało mu się (a także dorosłym ludziom spoza branży wydawniczej), że wyzywające magazyny ze zdjęciami i ploteczkami z Hollywood jak „Focus” to bardziej prestiżowa droga kariery niż pisanie i redagowanie serii komiksowych, choć rzeczone czasopisma publikowały prowokacyjne zdjęcia czy rysunki przedstawiające roznegliżowane kobiety oraz opowiadania pełne sprośności i przemocy, takie jak Porwałem dziewczynę z królewskiego haremu albo Rozwódki, to jest to. Te i inne opowiastki epatowały seksem, pełne były dwuznaczności i całkowitej lub połowicznej nagości.

W 1956 roku Goodman starał się powtórzyć sukces magazynu „Mad”, wydając „Snafu”. Zlecił nawet Lee zebranie gwiazdorskiego zespołu z Billem Everettem i Joem Maneelym na czele. Pomimo starań Lee „Snafu” się nie przyjęło i wypuszczono zaledwie marne trzy numery. Takie szybkie rezygnacje były znakiem rozpoznawczym Goodmana, który rzadko pozwalał czasopismom się rozkręcić. Jeśli wyczuł, że odbiorcy się nie zainteresowali albo odpuścili, porzucał produkt i szukał kolejnego potencjalnego przeboju. A jeśli ten nie pojawiał się od razu, Goodman usiłował wykorzystać powtórnie jakiś materiał, nadając starym artykułom nowe tytuły, albo przenosząc do innego magazynu jako zupełnie świeże treści. Goodmanowi kilkakrotnie groziły sankcje ze strony Federalnej Komisji Handlu (Federal Trade Commission, FTC) za podejrzane lub jawnie nielegalne praktyki wydawnicze.

W czerwcu 1958 roku Lee skontaktował się z dwoma rysownikami, z którymi już wcześniej pracował: Steve’em Ditko i swoim starym szefem, Jackiem Kirbym. Obaj potrzebowali na gwałt zleceń, zwłaszcza Kirby. Pracując po kryjomu dla konkurencyjnego DC Comics, spalił za sobą mosty, poza tym podczas kryzysu branży komiksowej rozpadła się jego spółka z Simonem, który poszedł do reklamy. Nie było za dużo zleceń, a jeśli udało się już jakieś złapać, trzeba było pracować za zaniżoną stawkę. Kirby miał przed sobą kilka możliwości. Goodman, praktycznie ignorując, co Lee robi przy komiksach, ledwie zauważył, że jego redaktor ponownie zatrudnił dawną gwiazdę wydawnictwa, choć panowie mogli nadal żywić do siebie żal odnośnie do zaległego honorarium za Captain America.

Lee przydzielił obu do serii science fiction i fantasy. Dzięki płynnemu stylowi i specyficznemu rozumieniu kształtu Ditko szybko wpasował się idealnie do działu. Kirby był mniej zadowolony, ale zależało mu na wypłacie. Wywodzący się z podobnego środowiska co Lee, Kirby, który miał duże kłopoty finansowe, był opętany potrzebą zapewnienia rodzinie bytu. Rysował potwory, o które prosił go Lee, mimo że nie była to praca na miarę jego możliwości.

Obaj mieli swoje zastrzeżenia co do rynku komiksowego, ale potrzebowali pracy i wykazywali się niemalże niezrównanym poziomem determinacji. Lee redagował i pisał magazyny, myśląc przy tym, że Goodman lekceważy go z powodu słabości działu komiksu. Bywało, że szef/krewny mijał go w korytarzu bez słowa. Cisza była ogłuszająca i łatwa do zinterpretowania. Lee zdał sobie sprawę, że „to tonący okręt, a my jesteśmy szczurami. Musimy stąd uciekać”. Kirby mu zresztą wtórował, mówił, że w firmie Goodmana czuł się jak „statek, który utkwił na mieliźnie”.

Ani Lee, ani Kirby i Ditko nie mieli pojęcia, że niebawem na zawsze zrewolucjonizują przemysł komiksowy i kulturę popularną.