Whedon tuż przed premierą "Iron Man 3" zapytany został o zmianę nazwy serialu na "Marvel's Agents of S.H.I.E.L.D.". Twórca projektu skomentował całą sytuację krótko: - Wszystko przez prawnicze sprawy. Spytajcie Michaela Chiklisa, wydaje mi się, że to jego wina. Whedon stwierdził, że serial nie będzie miał zbyt wiele wspólnego z filmami. - Planujemy pozostawić otwarte drzwi na połączenie fabuły serialu z filmami, ale nie będą to drzwi do największego pokoju. "S.H.I.E.L.D." to zupełnie osobny projekt, działający we własny sposób. To serial z bohaterami, których będziecie oglądać i troszczyć się o nich co tydzień. Ciężko w coś takiego wpasować film Marvela.

Whedon zaznaczył również, że "Marvel's Agents of S.H.I.E.L.D." to serial, który nie skupia się na potężnych superbohaterach, a na zwykłych ludziach. To podstawowa różnica pomiędzy produkcją stacji ABC a filmami, które można obejrzeć w kinie. Jedynym połączeniem będzie Agent Phil Coulson, w którego wcieli się Clark Gregg i w serialu występował będzie regularnie.