Serial Pajęczyna to historia inspirowana mało znanymi faktami z historii późnego PRL-u, kiedy to w szczycie gierkowskiej prosperity Polska rozwijała własny program atomowy. Dzieciństwo Kornelii Titko, odważnej naukowczyni obdarzonej niezwykłą pamięcią, zniszczyła przedwczesna śmierć rodziców oraz starszej siostry, która zginęła w wypadku samochodowym. Matka Kornelii, Teresa Titko była wybitnym fizykiem jądrowym; w gierkowskim programie nuklearnym pełniła rolę prawej ręki jego twórcy, generała-profesora Grzegorza Giedrowicza. Po latach w życiu Kornelii pojawia się tajemniczy mężczyzna, który twierdzi, że był niegdyś oskarżony o zabójstwo jej siostry. Bohaterka rozpoczyna prywatne śledztwo. Kim jest tajemniczy mężczyzna i co naprawdę łączy go ze śmiercią dwóch najbliższych Kornelii kobiet? Jaką cenę przyjdzie jej zapłacić za wtargnięcie na zakazane terytoria? Jaką rolę w tej historii sprzed lat odegrali oficerowie PRL-owskiego kontrwywiadu: kapitan Ewa Wolańska oraz podporucznik Tadeusz Mróz? Komu zależało na tym, aby Polska nie dołączyła do niewielkiego grona państw, liczących się w atomowym wyścigu?