Podobnie jak w filmie, konflikt nie pojawił się nagle, nie został wywołany pojedynczym wydarzeniem, a raczej serią problemów wynikających z obecności superbohaterów na Ziemi. Oczywiście historia komiksowa jest znacznie dłuższa, tak więc można znaleźć znacznie więcej przykładów niszczycielskiego działania tak zwanych „herosów”. Rząd USA, pragnąc uspokoić rosnące społeczne niepokoje, zaczyna przygotowywać specjalną ustawę rejestracji. Przeciw niej pierwszy wypowiada się Tony Stark, próbując opóźnić wejście nowego przepisu w życie. Niestety w tym samym czasie nieodpowiedzialna drużyna młodych bohaterów o nazwie New Warriors zgadza się wziąć udział w reality show, w którym jeżdżą po kraju i przed kamerami załatwiają pomniejszych złoczyńców. Kiedy docierają do Stamford, okazuje się, że w grupie namierzonych przestępców znajduje się Nitro, mutant o mocach większych niż „standardowi” przeciwnicy grupy. No ale czego nie robi się dla oglądalności? Tak właśnie, na oczach całego państwa, grupa bohaterów doprowadza do jednej z największych tragedii w historii Marvela. Dysponujący mocą tworzenia potężnych eksplozji Nitro wysadza nie tylko zespół młodych bohaterów, ale także pobliskie domy i - co gorsza - szkołę podstawową. W wyniku wybuchu ginie ponad 600 cywili, w tym 60 dzieci. W tym momencie nie może być mowy o żadnym opóźnieniu aktu rejestracji superbohaterów.

Czytaj także: Nasza recenzja filmu Kapitan Ameryka: Wojna bohaterów

I tak docieramy do głównego konfliktu. Tony Stark uznaje, że skoro nie da się tego uniknąć, lepiej zrobić to samemu, w najkorzystniejszy sposób dla społeczności bohaterów. Stark jest pewien, że jeśli sami tego nie ogarną, ktoś zrobi to za nich z dużo gorszym skutkiem. Przeciw niemu staje Steve Rogers, Kapitan Ameryka, który nie godzi się na oddanie tak wielkiej władzy w ręce jakiegokolwiek rządu. Rogers twierdzi, że skoro rządy się zmieniają, tak samo zmieniają się cele rządzących. Jeśli zaczęliby wykonywać rozkazy co do tego, kogo ratować, w końcu zaczęliby wykonywać także te, kogo ratować nie należy. Ponadto jako mężczyzna, który walczył o swój kraj podczas II wojny światowej, Rogers sądzi, że taka ustawa wypacza podstawowe wartości Ameryki. Filmowy konflikt będzie toczył się na bardzo podobnych zasadach, ale z jedną, dość dużą różnicą. Bohaterowie kinowego uniwersum Marvela w znacznej większości nie posiadają tajnych tożsamości. W komiksowym świecie zamaskowanych mścicieli jest bardzo wielu. Zgodnie z nową ustawą musieliby oni zdradzić swoje prawdziwe tożsamości, przynajmniej przed rządem. Trudno mówić o doskonałym zabezpieczeniu danych w świecie realnym, a co dopiero w takim, gdzie przestępcy mogą dosłownie wchodzić do komputera czy z nim rozmawiać, dlatego też wielu bohaterów dołącza do Kapitana Ameryki nie z powodu przekonań o tym, kto powinien rządzić, ale ze strachu przed ujawnieniem prawdziwego nazwiska, co mogłoby zagrozić nie tylko ich bezpieczeństwu, ale przede wszystkim bezpieczeństwu ich bliskich. Tu warto zaznaczyć, że aby zademonstrować swoje poparcie dla Iron Mana, Spider-Man postanawia zdjąć maskę przed kamerami. Należy tu jednak pamiętać, że w tamtym czasie Peter Parker wraz ze swoją żoną i ciocią mieszkał w bezpiecznym wieżowcu Tony’ego Starka.

Komiksowa Civil War to jednak nie tylko spór pomiędzy ideologią Iron Mana i Kapitana Ameryki. Wielu bohaterów dokonało wyboru ze względu na własne przekonania i filozofie. Luke Cage, kiedyś niesłusznie osadzony w więzieniu, nie życzy sobie, aby rząd wtrącał mu się w prywatne życie. Co więcej, jego żona, Jessica Jones, dawno zrezygnowała z bycia superbohaterką pomimo posiadania nadludzkich mocy. Zgodnie jednak z nową ustawą oboje musieliby się zarejestrować. Dlatego aby zademonstrować swój sprzeciw, Luke Cage postanawia spokojnie siedzieć we własnym mieszkaniu (wcześniej odprawiając żonę z córką do Kanady) oraz czekać, aż siły specjalne wtargną do jego domu i zmuszą go do podpisania papierów. Oczywiście mocno demonstruje „obywatelski sprzeciw”, a następnie dołącza do ruchu oporu Kapitana Ameryki.

Inaczej sprawę rejestracji widzi Reed Richards z Fantastycznej Czwórki. Jemu również nie podoba się nowa ustawa, ale nie zamierza on walczyć z własnym rządem. Pomimo wielu jej wad dalej mocno wierzy w demokrację i twierdzi, że jeśli jakieś prawo jest złe, to należy je demokratycznie zmienić, dlatego ostatecznie dołącza do obozu Iron Mana. Co ciekawe, jego żona (Sue) i szwagier (Johnny) nie są w stanie podzielić jego wiary w państwo, dlatego uciekają, by dołączyć do Kapitana. Przy Reedzie warto wspomnieć, że był on jednym z konstruktorów specjalnego więzienia dla niezarejestrowanych bohaterów, umiejscowionego w Strefie Negatywnej. Osadzani tam herosi mogli wydostać się tylko w jeden sposób – rejestrując się w rządzie.

Jeszcze inaczej do Civil War podszedł Ben Grimm, znany lepiej jako Thing, także z Fantastycznej Czwórki. Nie zgadzał się on kompletnie z rządową ustawą, ale nie chciał brać udziału w bratobójczej wojnie, dlatego spakował się i wyjechał do Francji (gdzie u boku lokalnych superbohaterów przeżył kilka ciekawych przygód). Nie był zresztą jedynym bohaterem, który opuścił wtedy kraj.

Frank Castle alias Punisher nie był w ogóle zainteresowany całym konfliktem. W końcu sam był przestępcą, przez co siłą rzeczy i tak chował się przed służbami rządowymi. Kiedy jednak strona Iron Mana zaczęła używać kryminalistów do pomocy w ściąganiu niezarejestrowanych bohaterów, Frank postanowił dołączyć do Kapitana. Ich współpraca naturalnie nie była zbyt łatwa. Tu warto też wspomnieć o innych antybohaterach, jak np. Moon Knight, którego ani Kapitan, ani Iron Man nie chcieli w swoim obozie. W końcu facet ma dość nierówno pod sufitem. Ostatecznie jednak, dzięki odpowiedniej manipulacji, udało mu się uzyskać licencję bohatera, dzięki której mógł właściwie działać zupełnie na własną rękę.

Naturalnie w komiksowej Wojnie Domowej wzięła udział jeszcze cała masa innych bohaterów - w końcu konflikt dotyczył prawie każdego. Na koniec jednak warto wspomnieć jeszcze o Spider-Manie, który - jak było wspomniane już na początku - mocno poparł Starka. Niestety kiedy podczas jednej z potyczek pomiędzy stronami zginął bohater o pseudonimie Goliath, a niedługo później Peter Parker miał okazję zobaczyć warunki w specjalnym więzieniu, zaczęły go ogarniać wątpliwości. Ostatecznie uciekł do podziemia, by walczyć u boku Kapitana, ale zdjęcie maski kosztowało go życie swojej cioci lub raczej, za sprawą Mephisto, wymazanie z historii małżeństwa pomiędzy Peterem a Mary Jane.

Wojna Domowa to ogromne wydarzenie w świecie Marvela, a z jej niektórymi konsekwencjami bohaterowie muszą radzić sobie do dziś. Ostatecznie jednak ustawa o rejestracji została wyrzucona do kosza, a herosi Marvela mogli cieszyć się tak zwaną Erą Bohaterów, która na dobrą sprawę trwa do dziś.