W Alien: Sanctuary, drugim etapie tej historii, odrobinę przerzucamy strony scenariusza, dając fanom coś, czego jeszcze nie widzieli. Czytelnicy poznają Jane Callan, przywódczynię prześladowanej i wywodzącej się ze starego świata religii, której wyznawcy nazywani są Spinnersami. Jane zmaga się z śmiertelną chorobą zwyrodnieniową i spędza ostatnie miesiące swojego coraz trudniejszego życia na operacji terraformacji obcego świata. Kiedy zadanie zostanie ukończone, kolonia stanie się oficjalnym terytorium Spinnersów - prawdziwym sanktuarium dla Jane i kierowanego przez nią kultu. Tak będzie aż do momentu, gdy w ich małym raju rozbije się statek kosmiczny, przewożący tajemniczą, śmiertelnie niebezpieczną przesyłkę. Teraz, gdy ciało Jane zdradza ją coraz mocniej, będzie ona musiała ochronić swoją trzódkę przed jej najgorszym koszmarem: idealnym organizmem, bezlitosnym ocalałym, który zabija swoje ofiary od środka.