W tym momencie strach jest najbardziej uzasadnionym uczuciem. Jeśli nowy posiadacz genu X miał odrobinę szczęścia i nie zmienił koloru na niebieski lub nie wyrosły mu skrzydła, może próbować żyć normalnie. Musi jednak na siebie bardzo uważać i nie robić głupstw, by nie narazić się na wytknięcie palcami przez resztę społeczeństwa. Działania grupy X-Men złożonej z mutantów i ich mniej udane akcje z pewnością nie wpływają korzystnie na renomę nowej rasy. Ukrywanie się jednak nie zawsze daje pożądany efekt, bo na przestrzeni lat powstało wiele organizacji kontrolujących poczynania mutantów. Oto kilka z nich.

Jedną z takich grup jest organizacja realizująca program Weapon X. Zajmują się badaniem mutantów i wykorzystywaniem ich skopiowanych zdolności do zwiększania mobilności żołnierzy. Wyłapywani, wręcz zbierani do badań posiadacze genu X są dla tej organizacji nie tylko materiałem badań, ale także bronią, którą kontrolują dla własnych korzyści. Eksperymenty to także operacje, a operacje to także ulepszanie. Jedną z ofiar ich programu był Wolverine, który miał stać się ich bronią X. Nie udało im się jednak go kontrolować, ale nie wszyscy mieli w tej sytuacji tyle "szczęścia", co Logan.

Dla znacznej części społeczeństwa, osoby z nadprzyrodzonymi zdolnościami są nie tylko zagadkowe, ale także powodem do strachu. Są jednak ludzie, którzy zobaczyli w nich nie tylko potwory, ale też jak w przypadku programu Weapon X, łatwy zarobek i przede wszystkim śmiercionośną broń. Doskonale wie o tym grupa Reavers działająca pod skrzydłami Zandera Rice'a. Udoskonaleni cybernetycznie łowcy tropią i wyłapują potrzebnych mutantów. Jedną z ofiar tego procesu była dobrze znana X-23, która była przez jakiś czas przez nich kontrolowana zanim nie zdołała uciec z innymi dzieciakami. Potem na nich polowano, by odzyskać kontrolę, co widzieliśmy w filmie Logan.

Jednak nie tylko ludzie mieli ochotę na kontrolę mutantów. Warto w tym miejscu wspomnieć o Bractwie Złych Mutantów, które zostało stworzone przez jednego z najbardziej znanych przedstawicieli rasy homo superior, Erica Lensherra znanego także jako Magneto. Celem Bractwa było zjednoczenie sił mutantów w celu przejęcia władzy nad słabą ludzkością. Zrzeszało mutantów, którzy swoje wyjątkowe moce zamierzali wykorzystywać wyłącznie w niecnych czynach. Doszło jednak do sytuacji, w której Bractwo przestało się wiele różnić od innych organizacji, stając się tym, z kim Magneto chciał walczyć. Magneto także zaczął wykorzystywać mutantów, często nazywając ich tylko pionkami. Nie przeszkadzało mu zatem poświęcić te mało ważne figury, by zrealizować swoje cele.

Najbardziej jednak znaną firmą jest Trask Industries, założona w 1967 roku przez Bolivara Traska. Ten genialny, ale także szalony profesor przeprowadzał wiele brutalnych testów na rasie homo superior. Doprowadziło to do jego śmierci, a zemsty dokonała Mystique. Spowodowało to podjęcie przez ówczesnego prezydenta Nixona decyzji o wdrożeniu programu Sentinel. Od tamtej pory wielkie, bojowe maszyny miały kontrolować działania mutantów i zapobiegać wywoływanym przez nich zagrożeniom. Wtedy także ograniczono prawa mutantów, którzy nie mogli brać udziału chociażby w zawodach sportowych (przyczynił się do tego Pietro Maximoff, bijąc aż osiem światowych rekordów w biegach), ale utrudniono im także opiekę zdrowotną. W 1989 roku Traks Industries opanował metodę sprawdzania DNA każdego człowieka, a więc możliwe stało się wykrywanie mutantów. Ten specjalny wykrywacz miał zapewnić społeczeństwu spokój i stabilność, a także łatwiejsze ostrzeganie o kolejnych zagrożeniach. Urządzeniem tym posługiwały się właśnie Sentinele, które patrolowały ulice, a w różnych okresach wykorzystywały te zdolności do zabijania mutantów. Był też moment, kiedy ludzie stracili kontrolę nad maszynami i Sentinele zaczęły zabijać wszystkich dookoła. Widzieliśmy to chociażby w filmie X-Men: Days of Future Past.

Wiele z przykrych zdarzeń z udziałem mutantów czy grupy X-Men prowadzonej przez Profesora Charlesa Xaviera, doprowadziło do powstania specjalnych rządowych organizacji. W efekcie tego powołana została nawet specjalna Agencja Kontroli Mutantów, której siedziba mieściła się w Waszyngtonie. W założeniu miała rejestrować wszystkich przedstawicieli rasy homo superior, ale tak naprawdę poszerzało to bazę i wiedzę o pojawiających się mutantach. Pozwalało to ich monitorować i kontrolować na wszelkie sposoby.

W filmowym uniwersum byliśmy także świadkiem działań Departamentu Bezpieczeństwa i Obrony Narodowej. Rząd nie był zatem bezczynny wobec pojawiających się coraz liczniej mutantów i ich swobodnych działań z użyciem mocy. Wiele do powiedzenia miał William Stryker, religijny fanatyk, dążący do eliminacji wszystkich mutantów. To między innymi ta rządowa agencja była odpowiedzialna za stworzenie plastikowego więzienia dla Magneto, a sam Stryker wykorzystał swojego syna, by przy pomocy Cerebro wytropić wszystkich mutantów i zabić ich w jednej chwili. Kontrolował też Nightcrawlera, by ten zabił prezydenta McKenny'ego, zrzucając tym samym winę na rasę mutantów. Doprowadziło to do wielu przykrych skutków.

Powstały też specjalne urządzenia, z których korzystało wiele organizacji i złoczyńców. Efekt był jednak zawsze ten sam: kontrola mutantów. Zakładano im więc specjalne obroże, które neutralizowały ich moce. Wspomniany już William Stryker wynalazł też serum, dzięki któremu łatwiej mógł kontrolować mutantów, jak we wspomnianej sytuacji z Nightcrawlerem.

Nie zawsze jednak było tak źle i powstała chociażby organizacja o nazwie X-Corporation, która dbała o życie mutantów. Działająca na zasadzie non-profit firma była założona przez Charlesa Xaviera i działała na całym świecie. Życie tych osób na pewno nie było jednak łatwe, a twórcy tworzący historie o przedstawicielach rasy homo superior na pewno ich nie oszczędzali. Ani w komiksach, ani w filmach, ani także w pojawiających się serialach z mutantami na pierwszym planie.