Emilia Clarke uczęszczała do St. Edward's School w Oxfordzie, a później edukowała się w Drama Centre London. W czasie studiów grywała w sztukach teatralnych m.in. w Hamlecie.

Debiutowała w 2010 roku rolą w filmie Trassic Attack. Gościnnie pojawiła się w serialu Doctors. Stała się bardziej rozpoznawalna dzięki roli w produkcji Gra o tron, gdzie wcieliła się w postać Daenerys Targaryen.